Im Land Bremen unterliegt der Schlachthof Bremerhaven sowie zwei Zerlegebetriebe in Bremen Stadt und ein Zerlegebetrieb in Bremerhaven der Überwachung der beiden Teams Fleischhygiene Bremen und Bremerhaven. Jedes Tier, das zur Schlachtung vorgesehen ist, muss vor der Schlachtung einer Lebenduntersuchung durch eine amtliche Tierärztin/einen amtlichen Tierarzt unterzogen werden. Nach der Schlachtung erfolgt die Fleischuntersuchung jedes einzelnen Schlachtkörpers und der dazugehörigen Organe, die ebenfalls durch amtliches Personal durchgeführt wird.
Nach einem festgelegten Stichprobenplan sowie in Verdachtsfällen werden weitere Untersuchungen z. B. auf Keimgehalt, Rückstände und Schadstoffe durchgeführt. Diese Untersuchungen sollen gewährleisten, dass nur genusstaugliches Fleisch als Lebensmittel in den Verkehr kommt. Kranke Tiere oder Tiere, deren Fleisch Rückstände von Arzneimitteln oder Schadstoffe enthält, dürfen nicht geschlachtet werden.
Bei jedem geschlachteten Schwein (auch erlegten Wildschwein) und Pferd wird außerdem eine Untersuchung auf Trichinellen (auf Menschen übertragbare Parasiten) durchgeführt. Jäger wenden sich für die Untersuchung von Wildschweinen bitte in Bremen oder Bremerhaven an den jeweiligen Standort.
Für Fleischexporte in Drittländer werden die notwendigen Exportatteste (Genußtauglichkeitsbescheinigungen, BSE-Bescheinigungen und Veterinäratteste) ausgestellt.
Die Einhaltung der gesetzlichen Bestimmungen der Viehverkehrsverordnung wird bei Tiertransporten im Land Bremen und bei der Ankunft des Schlachtviehs an den Schlachthöfen überprüft. Hierbei wird mit dem Bereich Tierschutz zwecks Überwachung der tierschutzrechtlichen Bestimmungen zusammengearbeitet.